Sinopse: Vinte anos antes do início da história, um asteroide que se dirigia para a Terra destrói Plutão. Devido à destruição de Plutão, o asteroide, que é apelidado de Thanatos, fica temporariamente estagnado. Agora, para evitar a destruição iminente da Terra, a Agência Internacional de Desenvolvimento do Sistema Solar (ISDA) trabalha no "Projeto D" e cria o "Dragonaut" após encontrar um ovo de dragão sob o oceano. O objetivo principal desta arma é destruir o asteroide quando chegar a hora. No entanto, eles logo descobrem que o asteroide não é sua única ameaça, pois poderosas criaturas semelhantes a dragões, que estão empenhadas em destruir, aparecem na Terra. Depois de testemunhar um assassinato por uma das criaturas, Jin Kamishina, um garoto solitário de 18 anos que perdeu sua família em um acidente de ônibus espacial há dois anos, se envolve nos mistérios dos dragões e se torna o piloto escolhido do Dragonaut. Ajudando-o em sua jornada está Toa, uma garota misteriosa que o salva de cair para a morte depois que a criatura o ataca. À medida que se aprofundam nos mistérios dos dragões, eles encontram novos amigos e inimigos, e também começam a desenvolver um relacionamento mais próximo.