Sinopse: Após uma guerra catastrófica contra uma raça de gigantes conhecida como Zentradi, a humanidade escapou para o centro da galáxia a bordo de uma frota de naves coloniais chamada Macross Frontier. À medida que a ameaça extraterrestre é deixada cada vez mais para trás, a vida na Macross Frontier prossegue como de costume. No ano de 2059, um jovem piloto de mecha trainee chamado Alto Saotome e seus colegas estão se preparando para executar uma rotina de acompanhamento para a famosa cantora Sheryl Nome, que veio para Macross Frontier para um show. Durante a apresentação, uma espécie alienígena biomecânica conhecida como Vajra faz uma aparição repentina, rompendo o perímetro defensivo ao redor da embarcação e caindo perto do local do show, mergulhando toda a cidade no caos. À medida que os espectadores evacuam, uma jovem chamada Ranka Lee é deixada para trás e é alvo dos Vajra, mas ela é salva no último minuto por Alto. Após esses eventos, o programa de Serviços Militares Estratégicos observa a habilidade de Alto na batalha, resultando em seu recrutamento para combater a nova ameaça alienígena.