Sinopse: Após a tentativa frustrada da NERV de recuperar as Lanças de Longinus e executar o Projeto de Instrumentalidade Humana, a destruição causada pelo Quarto Impacto foi amplamente evitada. Em um estado de desordem, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami e Rei Ayanami viajam para a Vila 3 — um assentamento de sobreviventes livre da ruína da Terra. Lá, Shinji lentamente se conforma com seu passado, desenvolvendo uma vida totalmente diferente de seus dias como piloto de Evangelion. Enquanto isso, a NERV faz preparativos para continuar o Projeto de Instrumentalidade por meio de um novo Impacto. Quando a principal nave de guerra aérea da WILLE chega à vila, Shinji decide embarcar, acreditando que pode ajudar pilotando um Evangelion. À medida que novos segredos são descobertos e uma batalha entre a WILLE e a NERV se aproxima, o futuro da Terra fica em jogo. Shinji pode salvar a humanidade e o resto do mundo uma última vez?